Измерять температуру аккумулятора и вводить поправку в измеряемое напряжение. Кстати, при быстрой зарядке аккумуляторы нагреваются на 15-20 градусов выше температуры окружающей среды, но это не мешает детектировать конец зарядки, так как отслеживают не абсолютное значение напряжения, а dV/dt.