С низковольтной стороны я фет шотткой запаралеллю, там диод последовательно не нужен. А шоттка будет как раз выпрямительной. Какая разницы - "сверху" его ставить, или параллельно ключу. А с высоковольтной - да, естессно, там диод нужен, ибо шоток таких нет. Собственно в вопросе об этом не звучало.
Отключать снабберы - да смутное подозрение, что тот, что окажется параллельно вторичке, будет греться впустую и без дела.