Между обмотками имеется паразитная емкость. Потенциал обмотки переменный, через эту емкость помеха проникает во вторичную цепь. А конденсатор между первичной и вторичной цепями шунтирует источник помехи. Нарисуйте путь тока через паразитные емкости, всё станет понятно.