"Возьмём за начальную точку, когда конденсатор С1 заряжен до амплитудных +2500вольт, конденсатор С2 разряжен." - такого быть не может. Если C1 заряжен до +2500 вольт, то и C2 заряжен до тех же 2500 вольт, так как он фактически включен параллельно C1, только через прямосмещенный диод и обмотку нижнего трансформатора.

"Подаём с вторички разряжающего источника импульс амплитудой -2500В.
На одной обкладке конденсатора С2 +2500В, на второй -2500 .Т.е. напряжение на этом конденсаторе _до начала его заряда_ 5000В." - Безграмотность полная. Напряжение на конденсаторе всегда пропорционально заряду. Если заряд конденсатора равен нулю, то и напряжение будет равно нулю. Если на конденсаторе есть напряжение, то он заряжен.

"Т.к. ёмкости у Вас одинаковые, первый же импульс оставит на С1 половину напряжения, вторая половина останется на С2. Вот тут действительно ток течь перестанет." - При подаче импульса разряжающего источника заряд на конденсаторах поменяется. Для разряжающего источника конденсаторы оказываются соединенными последовательно, причем встречно. Суммарное их напряжение в первый момент времени равно нулю. Поэтому потечет ток, в результате C1 потеряет 1/2 своего заряда, а заряд C2 увеличится на 1/2 и станет 3/2 первоначального. Напряжение на конденсаторе C1 уменьшится до 1250 В, а на C2 - увеличится до 3750 В.

"При работе заряжающего источника его импульсы амплитудой +2500В будут не только заряжать С1, но и РАЗРЯЖАТЬ С2. Путь разряда: прямосмещённый диод D2 и омическое сопротивление обмотки трансформатора." - Нет, C2 разряжаться не будет. Названный путь тока - это ток заряда. Обратного пути для тока нет, так как стоит диод D2. Конденсатор C2 может только заряжаться.

"В момент, когда С1 зарядится до +2500 вольт, до этого же напряжения будет перезаряжена и ёмкость С2. Это приведёт к тому, что С1 будет разряжена не за 1 импульс, а за несколько." - Когда опять включится заряжающий источник, C1 действительно снова зарядится до 2500 В, а C2 останется заряженным до 3750 В. При следующем включении разряжаеющего источника суммарное напряжение на конденсаторах будет равно -1250 В, потечет ток, C1 потеряет 1/4 заряда, а C2 приобретет такое же количество заряда. Это будет продолжаться до тех пор, пока C2 не зарядится до 5000 В. После этого никаких процессов разряда в схеме происходить не будет.