1) написать свой софт. На таргет передачу, причем забить весь ресурс, на PC прием. Я по крайней мере писал сам.
2) В RTDX каналом передачи данных является JTAG. Пины EMU0/1 в RTDX не участвуют, эти пины участвуют в профилировании, через них например выдаются импульсы, показывающие прохождение события.
Еще есть HSRTDX, поддерживаемый 560-ми эмуляторами, там пины EMU участвуют в передачи данных, причем как раз оба. И это не RTDX, прочтите spra821
Ну и про тактовую. 13 МГц эт далеко не предел, эти камушки на 30 работают без зазрения совести, и думаю что на 50 будут.