Внимательно изучите нетлист - возможно выход сумматора идет не на один регистр, при этом второй регистр никак не удается разместить в том-же LAB для использования LAB local interconnect. Может быть квартус задуплил регистр сам, если по-другому не смог выдержать времянку. Возможно в этом регистре юзается вход ENA, который зашарен с входом data1 LUT. Тогда он никак с сумматором в одной LE не уложится. Так сказать анамнез соберите грамотно, а потом уже возмущайтесь.