Вам надо ставить петлю ФАПЧ. При этом надо знать на какой частоте или в каком диапазоне частот имеет место джиттер. фильтр в петле должен вырезать этот джиттер. Что касается внутренних плл то они могут иметь жесткие требования ко входному джиттеру (не знаю как в А а в Х длл перестают работать стабильно при высоком входном джиттере).