При включении питания сперва сконфигурируется FPGA, а потом автоматически исполняемый код перепишется в нужное ОЗУ (хоть внутреннее, хоть внешнее). Ключевое слово - FlashProgrammer в NiosII EDS. Если использовать параллельное ПЗУ, то код можно исполнять прямо оттуда, и с достаточной скоростью.