Достаточно распостраненная беда. Дело в том, что даже самая медленная ПЛД очень прекрастно ловит короткие пички. Выход чисто схемный 1. Диф чепочки внешние 2. Фильтр (по входам внутри ПЛД) на длительность импульса, те не пропускать импульс длинной менее чем N тактов опорной частоты.