Дело в том, что на частоте 100 МГц работает основная часть системы
и она не может работать на 200 Мгц, максимум 150. Это значит,
что введение везде предлагаемой замены типа:
if rising_edge(CLK_100MHz) then-- было
.....
if rising_edge(CLK_200MHz) and x='1' then -- стало
x<=not x;
.....

заведомо не будет работать, та как это еще одно дополнительное
логическое условие, а система даже без него не
компилируется на 200Мгц

На высокой частоте 200 МГц работает только небольшая часть проекта,
но эта часть должна быть предсказуемо синхронной по отношению
к остальной системе.