1) Просто не использовать асинхронных сбросов/установок/загрузок. Кроме одного глобального резета. Точнее не использовать по возможности (бывает без них невозможно). И вся хитрость. Т.е. единственный прием/постулат.

2) Все верно. Только симулите не то, что сгенерено альтерой, а Ваш исходник со всей иерархией. Если он работает корректно, а STA внутриквартусовский (таймквест) показывает исполнение всех констрейнов - то это гарантия работоспособности в альтере, естессно если констрейны корректны.