set_parameter -name CYCLONEII_SAFE_WRITE "\"RESTRUCTURE\""
как учили в еррате.
Ну и переписал все по позможности на один клок. А то у меня был зоопарк ФИФО с разными клоками чтения-записи. Зоопарк вел себя плохо.
К Квартусу 7.0 все это как-то рассосалось. Они в Квартусе там поправили это дело вроде.