1) С назначением пинов это не связано. Это связано с тем, что Вы не объявили данные сигналы как тактовые и не обконстрейнили их.
2) Лехко. Pin Planner. меню Assigments->pins , предварительно скомпилить проект, чтобы он знал, какие пины в проекте есть.