Прочитайте доку Recommended HDL Сoding Styles по ссылке:
http://www.altera.com/literature/hb/qts/qts_qii51007.pdf
Смотрите там Coding Guidelines for Registers.
На HDL пишут "шаблонами" которые являются либо комбинационными схемами либо регистрами. Потом "соединяйте" их так как вы привыкли в графике. Используйте один общий клок для всех регистров. Загрузкой регистров управляйте через enable.