Счоччик должен быть запитан от делителя майн-цлоцка. Если тестим модуль без делителя(модуль рядом) - всё путём(картинка по картинке, причём прескаллер продолжает стучать рядом), если берём цлоск от модуля делителя, то ( . ) (картинка по сцылке)... Начиная с 4 разряда счоччика пошол сдвиг. Частоты входа одинаковые.
Q71SP1, Цуцлон2.
Счоччик:

always @(posedge clock or posedge vertProgressEnd)
	if (vertProgressEnd==1)
		begin
			vertCounter_<=9'h000;
			vertSync<=1'b0;
		end
	else
		begin
			vertCounter_<=vertCounter_+1'b1;
			if (vertCounter==9'd319)
				vertSync<=1'b1;
		end

фаноут великоват - 18 кое-где.