1) А что такое типовая схема у ПЛИС? Как подключить jtag и конфигурациооные входы? Об этом есть в доке на конфигурацию альтер на их сайте.
2) VREF - это выводы для подачи опоры для IO-стандартов, работающих относительно опорного напряжения. Например для SSTL-II, применяемого в DDR-памяти. Если не предусматривается использование таких стандартов, то VREF-ы можно использовать как обычные IO-пины ПЛИС. Если предусматривается - то вопрос более чем странный.