Проходил точно такую-же проблему с контроллером LCD. FPGA (в ней контроллер) была удалена от МП и соединение было выполнено плоским шлейфом с шагом 2,54мм. После долгих и мучительных изысканий на тему "Почему не работает ?" проблема решилась последовательным включением с сигналами /CS, /WR и /RD резистора номиналом 100Ом. За резистором, ближе к FPGA емкости на землю. Номинал - 30 пФ.