Для чистоты эксперимента понадобилось сконфигурировать плату Cyclone2 с помощью ByteBlasterMV.
Эту плату шил с помощью USBBlaster-а.
Вытащил с полки заведомо рабочий самодельный ByteBlasterMV, при конфигурировании получаю

Error: Can't access JTAG chain

Перепроверил подключение, даже написал простенькую программ для тестирования HC244 на снове которой собран ByteBlasterMV и LPT.
Не к чему придратся.
Попробовал в настройках чего нибудь подкрутить нашел только поменять PS/AS режим. - не помогает.
Драйвер на ByteBlasterMV по инструкции http://www.altera.com/support/software/drivers/dri-bb-xp.html
установил.
Может чего не доинсталировалось?