Я скажу, почему у Вас кристалл грелся. Потому, что свою плату с окружением Вы как испытательный полигон используете. В результате чего возможен по недосмотру конфликты на контактах i/o, сконфигурированных не в соответствии с разводкой печатной платы. Вещи надо своими именами называть. Да и в рапорты Квартуса смотреть. http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=51143