Можно в симулятор выводить не только пины, но к примеру и регистры. Для этого надо выбрать в закладке ноде фильтер (вроде так зовется), не пинс, а рег пре синтезис или рег пост файтинг. И нажать ентер. Если же там их не выведется соответствующие регистры то это значит что оптимизатор их выкинул к чертям, посчитав что они не нужны. Тогда можно тупо все разряды счетчика взять и по или вывести на один пин. И перекомпилить