Если перекомпиляция библиотеки не помогает, то делаю так:
"Прячу" текущую папку с проектом NiosII IDE в другое место. Затем создаю проект "hello world" После этого подпрасываю все файлы "c" и "h" из спрятаного проекта в папку с вновь созданным проектом. папку библиотечки не трогаю