Альтера рекомендует их сажать на землю. Я их много лет почти всегда оставлял висячими и НИ РАЗУ не было никаких траблов. Что в МАХ, что во FLEX (ACEX). Остальные выводы действительно по умолчанию являются выходами с низким логическим уровнем. Чтобы перевести их в третье состояние, надо назначить их в проекте входами и нигде не использовать.