Еще среди базовых jtag-команд, коды которых всегда открыты, есть команда тестирования, с помощью которой можно протестировать сам байтбластер без других jtag-устройств в цепи. Для всего этого можно использовать STAPL-Player, который свободно скачивается на сайте Altera. Питание и землю подключают обычно всю, посмотрите где-нибудь в готовом дизайн-проекте гуглем...для evaluation board некоторые производители выкладывают не только схему, но и саму печатную плату. По ссылке немного о STAPL-Player с моего сайта, это я когда-то с Actel сотрудничал. У меня есть и исходники самого Playerа, кому надо обращайтесь на мыло.