Столкнулся с такой же проблемой. Связка Cyclone 2 + EPCS4 программируется в режиме AS. EPCS4 программируется нормально, а конфигурация на плис не пишется. CONF_DONE и nSTATUS в нуле. Если программировать через JTAG, то все в порядке, конфигурация записывается нормально. Никакого логичного объяснения я так и не нашел :(