malloc в данном случае абсолютно бессмысленен, т.к память отведенная под кучу все равно останется закрепленной за кучей, а вам, как я понял, она нужна под обычные переменные. Могу предложить объявить union, одно из полей - вам массив, другое поле - структура с вашими переменными. Не слишком удобно, но надежно и безопасно
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)