Есть такой фуз-бит - EESAVE, по умолчанию он не прожжен (=1). Ты когда-то поставил (или оставил) галку "Keep EEPROM data on Erase (типа)", он прожегся (=0), и с тех пор EEPROM не стирается. Прожги опять единицу - будет стираться
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)