А зачем отлаживать? Делайте сразу рабочее изделие, с нужной платой, вряд ли она будет 2 слоя. И запаивайте сразу в рабочее изделие. А лучше отдайте для запайки тому, кто имеет необходимую оснастку для пайки и контроля пайки БГА. Вредны все эти промежуточные ступени отладочные.
Чисто алгоритмо-вычислительные дела прекрасно отлаживаются, во-первых, в чем-то типа маткада, матлаба, msvc, во-вторых, сами вычисления, в симуляторе. Процессорная периферия у tms-ов оч. редко показываает какие-то сюрпризы. Я вот не помню такого вообще. Как написано в док. - так и работает. Только док. внимательно читайте. И схему с разводкой в соответствии с электрической наукой делайте. Ну, иногда, оч. редко, встречаются какие-то неописанные вещи, но это что-нибудь очень специфичное, как правило. А если не убедил - делают панельки под БГА корпуса. Но они дорогие и нераспространенные. С панельками, кстати, наесться можно всякой бяки, например в случае использования быстрого и широкого emif'а в процессоре.