Секрет успеха - пытаться принимать скоростной поток данных с девайса которым нельзя рулить. Эксперименты показали что без потерь принимается только блок данных равный или чуть больший чем USB Transfer size. Драйвер ftdi как d2xx так и vcp после приема числа байт равного USB Transfer size где-то гуляет не менее 20мс (видимо ОС отдает квант времени другим процессам). На на высокой скорости внутренного буфера ft232 недостаточно и данные пришедшие в эти 20мс теряются. Повышение приоритета читающего потока проблему не решает. Комп однопроцессорный.