"какой файл пишется в еепром в IAR" какой укажите тот и будет прошиваться, "и как его подправить ручками" смотря какой входной формат понимает прошивальщик, но безусловно все понимают IntelExtended, а уж и его формат можете изучить и править ручками всё что угодно