Ответ: Таймер 8-разрядный, чтоб его сбросить там достаточно обнулить TCNT2, никаких старших/младших байт нет. А подрядок действительно таков: сначала сбрасываю TCNT2, потом сбрасываю флаги в TIFRе - а результат тот же, прерывания возникают, когда флаг в TIFR исусственно сброшен.