1 s на встроенном таймере для тайм-аутов механических узлов, поскольку если не работает RTC, то прибор должен по крайней мере протестировать все остальное.
Втиснуть программный таймер в прерывание 1 ms не было шансов, все было занято под самый быстрый сервис механики (ротор-энкодеры и т.д.) А в системе x86 стоял внешний таймер 8254, поэтому тут уже делал что хотел. Убегает время, или не убегает - пофиг, даже не проверял. В системе с человеческим контроллером прерываний можно сделать приоритеты получаются легко. Больше двух системных таймеров в системе на AVR сделать невозможно, точнее теряется всякий смысл.