По интерфейсу SPI гальваники нет, а вот проверка целостности пакета с помощью CRC реализована, если пакет битый - отбрасывается. Где то в самом модуле ввода/вывода проблемы. Еще была подмечена такая особенность что модули в которых управляет ALTERA - все в порядке (у нас на ней UART реализован), а в модулях где ATMega - проблемы. И еще очень сильно влияет взаиморасположение помехопостановщика и тестируемого контроллера.