подаете на вход шум, принимаете сигнал с обоих АЦП. Затем прогоняете сигналы через LMS-алгоритм (или RLS), на выходе получаете аппроксимацию импульсной хар-ки звена. А из нее все остальное, что надо. Кстати R отдельно от C не получите :) Только RC. И DDS кстати тоже не нужен. Если уж приспичило разность фаз - то корреляторами с exp(jw) ее добудите в шесть секунд из принятых с АЦП данных.