Ответ: компараторы не нужны. Если эти 2 Меги48 в одном корпусе :-), то просто синхронизируйте старт АЦП с сигналом ЦАП+сдвиг n*шаг и меряйте амплитуду - будет синхронный детектор. Получите стробоскопический метод измерений - частота будет ограничена скоростью УВХ АЦП, т.е.десятки КГц, не более...