ATmega128 питалась от +5V, а K9F1208U0B от +3V. Между ними были только резисторы 1 кОм. +5V через порты атмеги через резисторы затекало в K9F1208 и нарушало логику ее работы. Я поставил к каждому резистору еще один резистор на землю со стороны K9F1208, так чтобы образовался делитель и на K9F1208 теперь попадает максимум +3V. И теперь все отлично работает. Получается что у K9F1208 нету на входе диодов к земле и к питанию. Я раньше думал что все входы-выходы всех микросхем защитными диодами оборудуются.