В код встраиваешь подсчет времени работы с периодическим запросом ключика Как только не получил оплату за указанный период - софт откажется работать. Естесс-но все по-честному обговаривается с заказчиком в договоре.
З.Ы. похожую систему используют буржуи при продаже дорогостоящего оборудования через лизинг.