Изменяй по любому поводу. Только без сомнений. Сколько было примеров, когда авторы сомневались, стоит ли делать новую версию. Вот взять хотя бы того PonyProg. Он нормально их переименовывал, пока его что-то не клюнуло и он после 2.05 сделал 2.06a, 2.06b, дошел до 2.06f, потом вообще все прервал. Недавно только родил 2.07a, причем назвал ее BETA.