Вопервых нужно сконфигурировать контролллер прерываний т.е. укразать к какому типу Ваше прерывание будет относится IRQ или FIQ, записать вектор прерывания в один из 16 возможных регистров. Кроме того теобходимо написать сами обработчики IRQ (и если используете FIQ прерываний), который собственно будет выдергивать адрес собственно обработчика и передавать ему управление(это если используете IRQ, для FIQ автовекторизации нет). Затем таймеры, как впрочем и вся переферия имеют одно прерывание на все случаи жизни, т.е. есть обработчик прерываний от таймера0, и все прерывания от таймера0 будут обслуживатся этим обработчиком, а что конкретно вызвало прерывание нужно в этом самом обработчике выяснять читая регистры этого самого таймера. Ну как уже страшно? ;) Короче скачивайте пример и смотрите.