везде прописать сбросовое, только потом нужное. Вроде бы, те же UART-ы биты TxEN/RxEN воспринимают как "локальные" сбросы соответствующих автоматов.
Но я безусловно за пересброс через WDT, если другой нормальной возможности (команда сброса, например, кстати, не помню у кого, но у кого-то она была однобайтовая и со значением 0xFF :-) - стандартного значения незашитой/стёртой PROM/EPROM).