в makefile определяю пути к тулзам, в переменной WINAVR_ROOT - путь к корневому каталогу winavr. Для всех утилит включение $(WINAVR_ROOT) в путь работает, для SHELL нет.
то есть если определяю переменную SHELL как SHELL=$(WINAVR_ROOT)/utils/bin/sh.exe, то выскакивает ошибка :

E:\work\projects\power\vreg\digital\src>\work\tools\prg\emb\comp\winavr\utils\bi
n\make.exe -f vreg_dig_01_win.mak all
The system cannot find the path specified.
The system cannot find the path specified.

если определяю путь полностью, то компилируется нормально :
SHELL = /work/tools/prg/emb/comp/winavr/utils/bin/sh.exe

вот кусок из makefile :

# Define programs and commands.
WINAVR_ROOT=e:/work/tools/prg/emb/comp/winavr
SHELL     = /work/tools/prg/emb/comp/winavr/utils/bin/sh.exe
.............
CC        = $(WINAVR_ROOT)/bin/avr-gcc.exe
OBJCOPY   = $(WINAVR_ROOT)/bin/avr-objcopy.exe
WINSHELL  = cmd