Я в многоплатной системе продумываю организацию аналоговых земель, а цифровые делаю разными на каждой плате (гальванически развязанными) и соединяю с аналоговыми в одной точке. Общение с цифровой частью каждой платы и питание - через гальваническую развязку. Правда, у меня скорости обмена небольшие, а требования к точности очень высокие.