Строго говоря, серьезная, конечно. SS=1 сбрасывает внутренний счетчик бит слейва. Если SS нету, то первый пропуск клока вырубит слейв. Тогда надо, переразрешать модуль SPI для обнуления внутреннего счетчика бит, а для этого надо выбрать удачный момент.