Первый резистор фильтра взять высоковольтный (несколько последовательно соединённых SMD), и резистор на землю, чтоб получился делитель с напряжением несколько вольт, и кондюр до земли. А вслед ещё одну RC.
Если постоянную времени взять раз в десять меньше частоты шима, шим на двойной RC задавится очень сильно.
В смысле: RC = 10 / (2 * pi * F)
А напряжение с выхода фильтра можно сразу на МК подавать, никакой развязки не нужно.