В КроссВоркс для АРМ, что бы заработало без отладчика, нужно установить глобальный дефайн STARTUPFROMRESET=1. Иначе в стартовом коде будет бесконечный цикл . Как-то это связано с особенностями работы LPC под отладчиком. Думаю, у Вас та же хрень. Посмотрите на стартовый код.