Возможно, там не CRC, а тупая КС типа XOR всех байтов. Можно попробовать найти заведомо пустой (десяток-другой нулевых байт подряд) участок в файле, и параллельно с изменением одного нужного бита с 1 на 0 менять "ненужный" бит (в таком вот пустом байте) с 0 на 1 (и наоборот). КС при этом останется неизменной, и винда ничего не заметит