Делаю примерно так же, но:
1. Если контур платы не продублирован во всех слоях то выбирать не только соотвеветствующий слой,но и слой Board
2. В меню Gerber Format -Inches или Millimeters выбирается в зависимости от того, в какой системе сделана плата(аналогично при экспорте сверловки).
3. При экспорте сверловки в меню Tools после Auto нажимаем Assign для каждого отверстия и исправляем диаметр на на ближайший существующий диаметр сверла(требование некоторых производителей ПП).