Да в слое маски изображение принято инверсно рисовать - то что открыто, закрашивается. На вякий поганый в сопровождающей записке производителю уточняйте что за слой что в нем содержится единицы и т.п. меньше вопросов.
Board выводите в боард или любой другой слой какой захотите, только не забудьте указать что в этом файле содержится контур ПП. Все же логичнее назвать расширение board или BRD
"ложить" на сплошной слой ничего не надо, пикад сам разберется, главное в список слоев при экспорте не забыть занести и правильно расставить крыжики

слои нижнии зеркалить не надо, просто назвать с осмысленным расширением и также в спороводительной записке указать что есть что.

я вообще принял за правило писать что в кадом слое содержится. никаких вопрсосов как правило не возникает и косяков связанных с этим тоже