я тоже попался, обновил версию - и пошли крокозябри
вот мой пример config.dox после изменений:
DOXYFILE_ENCODING = CP1251
OUTPUT_LANGUAGE = russian
#USE_WINDOWS_ENCODING = YES
INPUT_ENCODING = CP1251
и еще, если вы сами собирали доксиген из исходников , то там поумалчанию поддержка неанглийских языков отключена дефайном