Скорее всего MCK у тебя неправильный.
Я вывдил на внешний вывод 52
AT91PS_PMC pPMC = AT91C_BASE_PMC; // указатель на регистры устройства управления питанием
pPMC -> PMC_PCKR[2] = 0x0b; // PCK2 - частота = PLL/4 (PLL = 49,152Мгц)
pPMC -> PMC_SCER = AT91C_PMC_PCK|AT91C_PMC_PCK2; // включить выход PCK2 (вывод 52)
AT91F_PIO_CfgPeriph(AT91C_BASE_PIOA,0,0x80000000); // разрешить выход
Только у меня там выводится PLL/4, можно переделать чтобы MCK выводил.