С ATMEGA я не работал, не знаю. Возможно они не относятся к процессорам с развитой системой эмуляции. А вот с TMS320 - при передаче потока с компа останов процессора не происходит. Процессор считывает данное из какой-то ячейки, а ее значение потом "втихаря" подменяется.